位於文學二館二樓東側，為臺灣首座也是唯一的崑曲博物館，長年致力於崑曲文物與文獻的蒐集與研究，尤以近代崑曲藝人、曲家和學者的文物為多，這些文物，可謂近代崑曲史的縮影。內分「常設展」與「特展」區。常設展區展示「崑曲史」與「台灣的崑曲」、「崑曲之美」；特展區不定期更新，另有一戲台區為崑曲博物館舉辦小型演出與推廣教育的場地。
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